A teoria microbiana das doenças ou teoria dos germes é a teoria científica atualmente aceita para muitas doenças. Ele afirma que microorganismos conhecidos como patógenos ou "germes" podem levar a doenças. Esses pequenos organismos, pequenos demais para serem vistos sem ampliação, invadem humanos, outros animais e outros hospedeiros vivos. Seu crescimento e reprodução dentro de seus hospedeiros podem causar doenças. "Germe" refere-se não apenas a uma bactéria, mas a qualquer tipo de microrganismo, como protistas ou fungos, ou mesmo patógenos não vivos que podem causar doenças, como vírus, príons ou viróides. As doenças causadas por patógenos são chamadas de doenças infecciosas. Mesmo quando um patógeno é a principal causa de uma doença, fatores ambientais e hereditários muitas vezes influenciam a gravidade da doença e se um indivíduo hospedeiro potencial se torna infectado quando exposto ao patógeno. Patógenos são doenças que podem passar de um indivíduo para outro, tanto em humanos quanto em animais. As doenças infecciosas são causadas por agentes biológicos, como microrganismos patogênicos (vírus, bactérias e fungos) e parasitas.

Formas básicas da teoria dos germes foram propostas por Girolamo Fracastoro em 1546 e expandidas por Marcus von Plentiz em 1762. No entanto, tais visões foram desprezadas na Europa, onde a teoria miasmática de Galeno permaneceu dominante entre cientistas e médicos.

No início do século XIX, a vacinação contra a varíola era comum na Europa, embora os médicos não soubessem como funcionava ou como estender o princípio a outras doenças. Um período de transição começou no final da década de 1850 com o trabalho de Louis Pasteur. Este trabalho foi posteriormente estendido por Robert Koch na década de 1880. No final daquela década, a teoria do miasma lutava para competir com a teoria dos germes da doença. Os vírus foram inicialmente descobertos na década de 1890. Eventualmente, seguiu-se uma "era de ouro" da bacteriologia, durante a qual a teoria dos germes rapidamente levou à identificação dos organismos reais que causam muitas doenças.